Empieza este lunes el Tercer Taller de Bioinformática
CENTRO DE INVESTIGACIÓN CIENTÍFICA Y DE EDUCACIÓN SUPERIOR DE ENSENADA, BAJA CALIFORNIA
Boletín informativo
No. 50/2016
- Capacitarán sobre el método RAD-Seq para propiciar la interacción entre usuarios de esta herramienta
Ensenada, Baja California, México, 5 de agosto de 2016. La semana próxima, del 8 al 12 de agosto, se llevará a cabo en el CICESE el tercer Taller de Bioinformática, enfocado en esta ocasión al análisis de datos genéticos (secuenciación de ADN) a partir de un método que permite muestrear partes del genoma de múltiples individuos para abordar, mediante la utilización de programas especializados, diversas preguntas evolutivas, como la historia demográfica de las poblaciones o determinar las señales dejadas por la selección natural.
El tema de este taller, “Introducción al análisis de datos de RAD-Seq”, será abordado con un curso que impartirán dos especialistas del área, los doctores Julian Catchen, investigador del Departamento de Biología Animal de la Universidad de Illinois, y Christopher Smith, investigador y jefe del Departamento de Biología de la Universidad Willamette.
Participarán 45 estudiantes de posgrado, investigadores y personas interesadas en el uso de RAD-Seq para estudios de genómica poblacional y filogenómica, provenientes de diferentes instituciones y estados del país, incluyendo desde luego estudiantes inscritos en los posgrados del CICESE.
La doctora Clara Galindo Sánchez, coordinadora del posgrado en Ciencias de la Vida del CICESE y una de las organizadoras del taller, refirió: “Comenzamos en 2014 con estos talleres de bioinformática. El primero fue enfocado a análisis metagenómicos, el segundo a análisis transcriptómicos y epigenéticos, y este tercero a análisis genómicos con RAD-Seq.
“Los dos talleres anteriores han sido exitosos y han promovido el fortalecimiento de las áreas genómicas y transcriptómicas en el noroeste de México, contando con la participación de técnicos, investigadores y estudiantes de nuestro centro y de otras instituciones del país. Es importante mencionar que la organización de estos talleres ha sido interinstitucional, con investigadores de tres divisiones académicas de nuestra institución (Biología Experimental y Aplicada, Oceanología y Física Aplicada) por lo que nos da mucho gusto, ya que es el resultado del esfuerzo de un grupo de trabajo multidisciplinario que, a pesar de pertenecer a diferentes departamentos, se ha integrado desde hace tres años para impulsar el desarrollo de estas áreas emergentes”.
Señaló que la secuenciación masiva de ADN es una herramienta cada vez más usada en la investigación científica. “Sin embargo, el análisis del gran volumen de información que se genera requiere el uso de herramientas informáticas sofisticadas, y en el CICESE se cuenta en este momento con una masa crítica de investigadores y estudiantes que necesitan desarrollar estas herramientas para avanzar en sus proyectos”.
Por ello, destacó la manera como el CICESE ha robustecido su infraestructura de cómputo para poder manejar el gran volumen de información que generan los estudios en bioinformática. De hecho, agregó, “esta será la primera vez que utilicemos para este tipo de talleres, un cluster (llamado OMICA´s) exclusivo para bioinformática, el cual ya hemos comenzado a utilizar. El cluster reforzará las investigaciones y formación de recursos humanos de nuestra institución en esta área del conocimiento”.
Respecto al curso sobre el método RAD-Seq (Restriction site Associated DNA Sequencing), dijo que busca incrementar el conocimiento en el manejo de datos e impulsar el desarrollo de investigaciones que incluyan abordajes genómicos, así como propiciar la interacción entre personas que utilizan dichas herramientas.
Finalmente, la Dra. María Clara Arteaga, quien es investigadora del Departamento de Biología de la Conservación, explicó que este método permite muestrear partes del genoma de múltiples individuos en especies modelos (con genoma secuenciado) y no modelos. “Mediante la identificación de un gran número de sitios únicos polimórficos (SNPs) presentes en secuencias homólogas, se puede evaluar la diversidad y estructura genética que resulta de la historia demográfica de las poblaciones, así como determinar las señales dejadas por la selección. Durante este curso se abordarán los análisis de los datos generados por esta técnica, utilizando diferentes programas especializados”.
Para mayor información, puede comunicarse con Norma Herrera, jefe del Departamento de Comunicación. Tel: (646) 175 05 31; cel: (646) 117 16 27; Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.